Đất nước nhỏ này nằm gần trung tâm châu Phi, vài độ chếch hướng nam xích đạo. Rwanda ngăn cách với Cộng hòa Dân chủ Congo bởi Hồ Kivu và thung lũng Sông Ruzizi ở hướng tây; ở phía bắc nước này giáp với Uganda, và phía đông với Tanzania, phía nam với Burundi. Thủ đô Kigali nằm ở trung tâm đất nước.

Vùng nông thôn Rwanda chủ yếu là những cánh đồng cỏ và những trang trại nhỏ trải dài theo những ngọn đồi, với những diện tích bị ngăn cách bởi các dãy núi chạy về phía đông nam từ một dãy núi lửa ở phía tây bắc. Sự phân chia giữa các hệ thống sông Congo và Nin trải dài từ bắc xuống nam qua tây Rwanda ở độ cao trung bình lên tới 9.000 foot (2.740  m). Trên những sườn phía tây dải núi này, các vùng đất dốc bất ngờ chuyển hướng về Hồ Kivu và châu thổ sông Ruzizi, và hình thành một phần của Thung lũng tách giãn Lớn. Các sườn phía đông thoai thoải hơn, với các ngọn đồi trải dài suốt những vùng đất cao trung tâm và dần nâng độ cao, tới các đồng bằng, đầm lầy và hồ nước ở vùng biên giới phía đông. Vì thế nước này cũng được gọi là "Vùng đất một nghìn quả đồi". Năm 2006, một đoàn thám hiểm của người Anh đã thông báo rằng họ định vị được dòng đầu nguồn dài nhất của Sông Nin tại Rừng Nyungwe.[41]